Хотя после смерти Филиппа II Испания все еще считалась мировой державой, она находилась в кризисном состоянии. Международные амбиции и обязательства перед домом Габсбургов крайне истощили ресурсы страны. Доходы королевства, увеличивавшиеся за счет поступлений из колоний, были огромными по меркам 16 в., но Карл V оставил огромные долги, и Филиппу II пришлось дважды объявлять страну банкротом - в 1557, а затем в 1575. В конце его правления налоговая система стала оказывать разрушительное воздействие на жизнь страны, и правительство уже едва сводило концы с концами. Отрицательный торговый баланс и недальновидная финансовая политика нанесли удар торговле и предпринимательству. Из-за громадного притока драгоценных металлов из Нового Света цены в Испании значительно превысили европейские, поэтому здесь стало выгодно продавать, но невыгодно покупать товары. Полному разорению отечественной экономики способствовал и один из главных источников доходов государства - десятипроцентный налог с торгового оборота.

Филипп III (годы правления 1598-1621) и Филипп IV (1621-1665) не смогли переломить ситуацию в лучшую сторону. Первый из них заключил в 1604 мирный договор с Англией, а затем в 1609 подписал 12-летнее перемирие с голландцами, но продолжал тратить огромные суммы денег на своих фаворитов и развлечения. Изгнав из Испании морисков в период с 1609 по 1614, он лишил страну более четверти миллиона трудолюбивых жителей. В 1618 разгорелся конфликт между императором Фердинандом II и чешскими протестантами. С этого началась Тридцатилетняя война (1618-1648), в которой Испания выступила на стороне австрийских Габсбургов, надеясь вернуть себе хотя бы часть Нидерландов. Филипп III умер в 1621, но его сын Филипп IV продолжил его политический курс. Поначалу испанские войска добились некоторых успехов под командованием знаменитого генерала Амброджио ди Спинола, но после 1630 терпели одно поражение за другим. В 1640 одновременно восстали Португалия и Каталония; последняя оттянула на себя испанские силы, что помогло Португалии восстановить независимость. В 1648 в Тридцатилетней войне был достигнут мир, хотя Испания продолжала воевать с Францией до заключения Пиренейского мира в 1659.

Болезненный и нервный Карл II (годы правления 1665-1700) стал последним правителем из династии Габсбургов в Испании. Он не оставил наследников, и после его смерти корона перешла к французскому принцу Филиппу Бурбону, герцогу Анжуйскому, внуку Людовика XIV и правнуку Филиппа III. Его утверждению на испанском троне предшествовала общеевропейская война за Испанское наследство (1700-1714), в которой Франция и Испания боролись с Англией и Нидерландами. Император Священной Римской империи Филипп V (годы правления 1700-1746) удержал за собой трон, но при этом потерял южную часть Нидерландов, Гибралтар, Милан, Неаполь, Сардинию, Сицилию и Менорку. Он проводил уже не столь агрессивную внешнюю политику и предпринял усилия по улучшению экономической ситуации. Фердинанду VI (1746-1759) и Карлу III (1759-1788), самым способным королям 18 в., удалось приостановить распад империи. Испания вместе с Францией вела войны против Великобритании (1739-1748, 1762-1763, 1779-1783). В благодарность за поддержку Франция в 1763 передала Испании обширную территорию Луизианы в Северной Америке. Впоследствии, в 1800, эта территория была возвращена Франции, а в 1803 - продана Наполеоном США.